علامه طباطبایی بین سه نظریه اصلی در اندیشه اخلاقی تمایز قائل می‌شود. نظریه اول، نظریه عقل‌گرایانه است که ارزش‌ها را ناشی از عقل می‌داند. نظریه دوم، نظریه تجربه‌گرایانه یا اجتماعی است که ارزش‌ها را بر سودمندی و عرف مبتنی می‌کند. نظریه آخر، نظریه دینی توحیدی است که خیر را به عنوان چیزی تعریف می‌کند که انسان را به کمال الهی نزدیک‌تر می‌کند. علامه طباطبایی محدود کردن موضوع به دو نظریه اول را رد کرد و اخلاق را وابسته به وجود حقیقی و هدف الهی دانست.
نظام اخلاقی علامه طباطبایی پلی میان فلسفه، عرفان و قرآن است و دیدگاهی واقع‌بینانه ارائه می‌دهد که از نسبی‌گرایی اخلاقی رایج در اندیشه مدرن فراتر می‌رود. همچنین رفتار انسان را از منظری یکپارچه و غیرمادی توضیح می‌دهد. از نظر علامه طباطبایی، اخلاق صرفاً یک نظام آموزشی یا اجتماعی نیست، بلکه راهی به سوی خداست.