مسیر نفوذ مؤسسه طابه در مصر، از یک حضور دینی و رسانه‌ای ساده فراتر رفته و به یک مشارکت نهادی رسمی با وزارت اوقاف رسیده است. ریشه‌های این رابطه به دهه ۱۹۹۰ بازمی‌گردد، زمانی که حبیب علی الجفری، بنیان‌گذار طابه، با علمای مصری آشنا شد. اما این مسیر بدون فراز و نشیب نبود؛ در سال ۲۰۰۱ اقامت او با مشکل مواجه و بعدها ممنوعیت ورودش تکرار شد. با این حال، پس از سال ۲۰۱۱ و به‌ویژه در سال ۲۰۱۸ با افتتاح مقر دائمی طابه در قاهره، این مؤسسه به تدریج شبکه‌ای از روابط را با نهادهای رسمی، دینی و دانشگاهی مصر بنا کرد. برگزاری دوره آموزشی برای امامان وزارت اوقاف در سال ۲۰۲۴، پیش‌درآمدی بر پروتکل ۲۰۲۶ بود؛ اقدامی که نشان می‌دهد این همکاری نه یکباره، بلکه نتیجه سال‌ها سرمایه‌گذاری و ایجاد اعتماد در درون نظام سیاسی مصر بوده است.
بُعد دیگر این ماجرا، به پیامدهای آن برای جایگاه الازهر و ساختار دینی مصر بازمی‌گردد. پروتکل همکاری با طابه در شرایطی امضا شد که اختلافات میان الازهر و وزارت اوقاف بر سر حدود صلاحیت در پرونده فتوا و نوسازی گفتمان دینی، به اوج خود رسیده است. السیسی پیش‌تر آموزش واعظان و امامان را از طریق آکادمی نظامی تحمیل کرده و در دسامبر ۲۰۲۵ شورای علمی‌ای به ریاست وزیر اوقاف و بدون مشارکت الازهر تشکیل داده بود. اکنون امضای این پروتکل با مؤسسه‌ای خارجی، در حالی که الازهر در مراسم امضا غایب بوده و بیانیه پروتکل نیز به نقش آن اشاره‌ای نکرده، این نگرانی را تقویت کرده که طابه به عنوان یک مسیر موازی برای تضعیف نقش تاریخی و قانونی الازهر در اداره گفتمان دینی مصر استفاده شود. منتقدان بر این باورند که این اقدام، یکی از حلقه‌های به حاشیه راندن نهادی است که قانون اساسی مصر آن را مرجع اصلی امور دینی می‌شناسد.
در نهایت، آنچه این پروتکل را به یک پرونده پیچیده و چندلایه تبدیل می‌کند، ابعاد فرامرزی و پیوندهای مالی و سیاسی طابه است. مؤسسه طابه که مقر اصلی آن در ابوظبی قرار دارد، از سوی پژوهشگران و گزارش‌های رسانه‌ای نظیر گاردین و مرکز عربی در واشینگتن، به عنوان نهادی تحت حمایت امارات و بخشی از شبکه مؤسساتی شناخته می‌شود که سیاست دینی این کشور را برای مقابله با اسلام سیاسی و ترویج گفتمانی مبتنی بر ثبات سیاسی و اطاعت از حاکمان پیش می‌برند. فعالیت‌های گسترده طابه در مصر، از برگزاری صدها رویداد و انتشار کتاب و مجله رایگان تا تأسیس ابتکارهای متعدد، پرسش‌های جدی درباره منابع تأمین مالی آن برمی‌انگیزد. در حالی که مقامات مصری دلایل انتخاب طابه را اعلام نکرده‌اند، هم‌پوشانی برنامه‌های این مؤسسه با اولویت‌های دولت مصر در زمینه نوسازی گفتمان دینی و مقابله با افراط‌گرایی، نشان‌دهنده یک همگرایی راهبردی است؛ همگرایی‌ای که می‌تواند در آینده، معادلات قدرت در عرصه دینی مصر و جایگاه الازهر را به شکلی بنیادین تغییر دهد.