اکثراً تصاویر گنبد طلایی "قبه‌الصخره" با مسجدالاقصی اشتباه گرفته میشود در حالی که مسجدالاقصی دارای گنبدی به رنگ سبز یشمی است.
ضمناً بیت المقدس اولین قبله مسلمانان بوده‌است، جایی که در دوران اولیه پیامبر اسلام به سوی آن نماز می‌خواندند.
در برخی احادیث شیعیان مسجد بیت المقدس مورد تقدیس قرار گرفته‌است.علمای شیعه مسجد بیت المقدس را همان مسجد الأقصی دانسته‌اند.
قدمت بیش از یک هزار ساله مسجدالاقصی سبب اهمیت تاریخی این مسجد است.