روز 13 مهرماه 1344، امام خمینی(س) و فرزندش آیت الله حاج آقا مصطفی، به تبعید گاه دوم خود یعنی عراق اعزام می‎شوند. این پدر و پسر پس از ورود به عراق و زیارت یک هفته‎ای مشاهد مشرفه در شهرهای کاظمین ، سامرا و کربلا به نجف اشرف رفتند و در آن شهر رحل اقامت گزیدند، اقامتی در تبعید 13 سال به طول انجامید و سال آخر آن را امام(ره) بدون فرزند شهیدش گذراند.

نَجَف نام شهری است در کشور عراق و مدفن حضرت علی ابن ابی طالب(ع) اولین امام شیعیان. از نظر موقعیت جغرافیایی در ۱۶۰ کیلومتری جنوب بغداد در مختصات °۳۱٫۹۹ شمالی و °۴۴٫۳۳ غربی قرار گرفته است. این شهر یکی از مقدس ترین شهرهای شیعیان و مرکز قدرت سیاسی شیعیان در عراق به شمار می‎رود و در نزدیکی آن کوفه قرار دارد، به شکلی که شهرهای نجف و کوفه را نمی‎توان از همدیگر مجزا دانست. نجف دارای سابقه تاریخی چندانی نیست و شهرت آن بیش تر به سبب دفن حضرت علی(ع) در این شهر بنا بر وصیت آن حضرت است. امام نخست شیعیان که در مسجد کوفه به شهادت رسید، وصیت کرد که به شکلی ناشناس در منطقه ای نزدیک به شهر کوفه دفن شود که این منطقه را اکنون نجف می نامند و حدود صد سال پس از شهادت آن بزرگوار، امامان بعدی مدفن او را به مردم معرفی کردند. این سبب شد که این ناحیه به تدریج محل سکونت دوستداران امیرالمومنین (ع) شود.

 منزل امام خمینی(ره) در نجف

پس از آن که به تدریج اجتماعی از مردم شیعه در نجف پدید آمد، شهر بصورت پایگاهی مذهبی درآمد و یکی از نخستین حوزه‎های علمیه شیعه در آن شکل گرفت. پیش از رونق حوزه علمیه قم به وسیله آیت الله عبدالکریم حائری، طلاب برای ادامه تحصیل به شهر نجف می رفتند و هر چند اکنون وضعیت متفاوت شده اما هنوزهم حوزه ی علمیه نجف از اعتبار بالایی برخوردار است. در حوزه نجف بزرگانی از علمای شیعه به تحصیل و تدریس اشتغال داشته اند که دوره سیزده ساله تدریس حضرت امام(ره) در مدرسه شیخ انصاری از جمله آن است. هم اکنون هم آیت الله علی سیستانی مرجع بزرگ شیعیان در این شهر مستقر است.