از جمله آثار و نشانه های مسجد الاقصی که در این آتش سوزی خسارت دید، می توان به مسجد عمر که سقفی گلی و پلهایی چوبی داشت، اشاره کرد. علاوه بر این، محراب زکریا در مجاورت مسجد عمر، مقام اربعین در مجاورت محراب زکریا، 3 راهرو از مجموع 7 راهرو امتداد یافته از جنوب به شمال و ستونها و نمادهای زینتی در این مکان نابود شد و بخشی از سقف نیز در جریان آتش سوزی فرو ریخت و خسارتهای زیادی هم به درها و پنجره های مسجد وارد شد.
همچنین بخش هایی از نمای داخلی گنبد منقش و دیوارهای جنوبی خسارت دیده و 48 پنجره شیشه ای و گچی نابود شد و نماها و قرآن های زیادی هم در آتش سوخت.
فلسطینیان با حضور سریع خود در مسجد الاقصی، توانستند از گسترش دامنه آتشسوزی جلوگیری کنند. خودروهای آتشنشانی و امدادرسانی از الخلیل، بیتلحم و دیگر مناطق کرانه باختری و فلسطین اشغالی 1948 راهی قدس شدند، اما رژیم صهیونیستی با اقدامات مختلف از جمله قطع آب مناطق مجاور مسجد الاقصی و تأخیر عمدی در اعزام خودروهای آتشنشانی، تلاش کرد تا آتش گستردهتر شده و مسجد به کلی نابود شود.
آتشسوزی مسجد الاقصی با واکنش گسترده کشورهای اسلامی و عربی مواجه شد. روز بعد از این حادثه، هزاران مسلمان نماز جمعه را در محوطههای خارجی مسجد الاقصی اقامه کردند و تظاهراتهایی در شهر قدس برگزار شد.
از مهمترین پیامدهای این جنایت، برگزاری اولین اجلاس سران اسلامی در رباط (پایتخت مغرب) و تأسیس سازمان همکاری اسلامی بود که تمام کشورهای اسلامی در آن عضو شدند. همچنین شورای امنیت سازمان ملل در 15 سپتامبر 1969، قطعنامه 271 را صادر کرد و طی آن اقدام رژیم صهیونیستی را محکوم و خواستار لغو تمام تدابیر و اقدامات این رژیم با هدف تغییر اوضاع حاکم بر قدس شد و بر ضرورت پایبندی این رژیم به توافقنامههای ژنو و قوانین و موازین بینالمللی تأکید کرد.
رژیم صهیونیستی پس از بازداشت «مایکل دنیس روهن»، مدعی شد که او مشکل روانی داشته و بدینگونه او بدون هیچ مجازاتی و پس از مدت کوتاهی بستری در تیمارستانی در نزدیکی عکا، به کشورش استرالیا بازگردانده شد.
کمیته عمران و بازسازی مسجد الاقصی وابسته به وزارت اوقاف اردن، مسئولیت از بین بردن آثار آتشسوزی و مرمت و بازسازی مسجد الاقصی را بر عهده گرفت و تیم فنی این کمیته از اوایل سال 1970 کار خود را آغاز کرد.
رژیم صهیونیستی پیش و پس از این آتشسوزی، همواره در تلاش برای یهودیسازی شهر قدس و به ویژه مسجد الاقصی (قبله نخست مسلمانان و سومین حرم شریف) بوده است. با این حال، سازمانها و نهادهای بینالمللی از جمله یونسکو با صدور قطعنامههایی، قاطعانه اعلام کردهاند که قدس و مسجد الاقصی متعلق به مسلمانان است و هیچ پیوندی میان این مکان و یهودیان وجود ندارد و قدس در حقیقت شهری اشغالی است.