آبان ماه 1360، آیت الله سید محمدحسین طباطبایی معروف به علامه در پی یک دوره بیماری، دعوت حق را لبیک گفت. درگذشت ایشان چنان سنگین بود که امام خمینی رحلت علامه را «ضایعه ای برای حوزه‌های علمیه و مسلمین» خواندند.
امام و علامه مراودات بسیاری با یکدیگر داشتند و هر دو استاد مسلم حوزه نسبت به یکدیگر احترام ویژه ای قائل بودند. آیت الله سیدعلی خامنه ای خاطره جالبی در این باره نقل می کنند. ایشان می گویند: «یک وقتی علامه سمنانی آمده بود قم، همه علما رفته بودند دیدنش؛ آقای خمینی هم بود، آقای طباطبایی هم بود. از بس قیافه آقای خمینی و آن متانت، در ذهن آقای علامه سمنانی جلوه کرده بود، خیال کرد که او علامه طباطبایی است.
بیشتر بدانید
مشارکت بیش از ۵۰ درصدی در انتخابات عراق، رکوردی در ۱۵ سال اخیر| مع المراسلین
هدف اصلی طرح آمریکایی: هماهنگی لبنان با موج منطقه‌ای و مماشات با اشغالگر| قضیة ساخنة
چون قبلاً هم «تفسیر المیزان» یا مثلاً «روش رئالیسم» را خوانده بود و به مقامات علمی و مقامات فلسفی ایشان واقف بود، فکر می‌کرد که آن صورت ذهنی با این چهره و این قیافه تطبیق می‌کند و شروع کرد با آقای خمینی به گرم گرفتن و اینکه بله، من کتاب شما را خوانده‌ام، المیزان را خوانده‌ام. آقای خمینی هم آدمی [نبود] که دستپاچه بشود، مثلاً فوراً بگوید که نخیر! من نیستم، یا خجالت بکشد که حالا او دارد اشتباه می‌کند، چنین آدمی نبود واقعاً. مثل کوه همینطور نشسته بود و گوش می‌کرد. آقای طباطبایی هم نشسته بود جلوی ایشان؛ دید که علامه سمنانی دارد اشتباه می‌کند، برای اینکه این اشتباه ادامه پیدا نکند، رو کرد به علامه سمنانی و گفت طباطبایی من هستم؛ ایشان استاد من، آقای خمینی هستند.»
ارتباط صمیمانه امام و علامه که حاکی از علاقه و ارادت طرفین به همدیگر بود، بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیز پا بر جا بود. علامه در نخستین روزهای بازگشت امام به کشور در بهمن 57 در اولین فرصت به دیدار ایشان شتافت. خانم منصوره روزبه همسر دوم علامه که در سفر به تهران استاد را همراهی می کرد در این باره می گوید: «آقا تشریف بردند مدرسه علوی امام را دیدند و امام هم وقتی آمدند قم بازدید ایشان را پس دادند.»