تاریخ نامه استعفای او دهم شهریور ماه است.

متن نامه آخوندی به شرح زیر است:

جناب آقای دکتر روحانی

رئیس جمهور محترم

با سلام و عرض ادب

پیرو ۳ بار درخواستی که در سال گذشته از محضر جنابعالی داشته‌ام اجازه می‌خواهم از خدمت شما در دولت رخصت بخواهم؛ به نظر نمی‌رسد در ارتباط با روش بازآفرینی شهری مورد نظر جنابعالی بتوانم کار مؤثری انجام دهم، همچنین در ارتباط با سیاست دخالت حداکثری دولت در بازار و روش ساماندهی امور اقتصادی به لحاظ شرایط موجود کشور نیز امکان هماهنگی ندارم. 

این حق شماست که وزیر همراه‌تری را در دولت داشته باشید، خواهشمندم این بار با درخواست اینجانب موافقت و در تعیین جانشین تسریع فرمائید.

من بر این اعتقاد هستم که ۳ اصل پایبندی به قانون، احترام به حقوق مالکیت و اقتصاد بازار رقابتی را در هیچ شرایطی نباید زیر پا گذاشت. آنچه که در تدبیر شرایط سخت جدید ناشی از تحریم‌های آمریکا شاهدیم دقیقاً نقض همین ۳ اصل است.

در هر صورت با این سطح از تفاوت دیدگاه از حیث اخلاقی ادامه کار من درست نیست. خواهش می‌کنم که به من رخصت دهید در اولین فرصت از خدمتتان خارج شوم ولی درخواست دارم که این زمان از پایان مهرماه سال جاری فراتر نرود. برای جنابعالی و همکاران در دولت و مردم عزیز ایران آرزوی توفیق و سرافرازی دارم.

با سپاس

عباس آخوندی